Use Case I - Espécime de Herbário

Familiarize-se com o cenário do caso.

Scenario

Um Projecto de Mobilização de Dados em um Herbário Regional

use case HS Eriocaulon bilobatum cropped
Eriocaulon bilobatum Morong coletado na Guatemala por Coleção de Referência Rápida (RRC) Express Museum of Natural History - Keller Action Science Center (licenciado sob CC-BY-NC 4.0)

Esta narrativa foi desenvolvida como base para exercícios práticos no curso de mobilização de dados para a biodiversidade e o conceito e conteúdo do exercício foi desenvolvido por Alberto González-Talaván, Néstor Beltrán, Nicolas Noé, Sharon Grant. Os dados são de um conjunto de dados real, mas foram modificados para os fins desses exercícios. É um cenário fictício e destina-se apenas a fins instrutivos.

Description

A Universidade de Planícies Brancas é uma instituição de ensino superior bem reconhecida na Guatemala e uma referência nacional à investigação sobre biodiversidade. O Departamento de Biologia de Plantas mantém herbário de médio tamanho contendo aproximadamente 80,000 espécimes colhidos dentro e em torno da região local e datam de meados do século Xx até o presente. A coleção inclui espécimes importantes como tipos e endémicos.

Actualmente, os cuidados da coleção são atribuídos ao professor de Sistemática de Plantas, que realiza tarefas de curadoria, bem como seus trabalhos regulares de investigação e ensino. O Departamento Administrativo é responsável pelas tarefas administrativas do dia-a-dia do herbário, tais como a compra de materiais, incluindo papel e etiquetas. Os docentes e os alunos que colaboram no departamento trabalham ocasionalmente e actualizam as identificações sobre os espécimes e há dois botânicos aposentados que regularmente se voluntariam na coleção ajudando o professor a preparar os empréstimos.

A Universidade já tem uma busca on-line em suas coleções de bibliotecas mantidas pela equipa central da Universidade, em servidores hospedados externamente. Nenhum espécime de história natural é actualmente integrado a esta plataforma.

O Director do Departamento de Biologia de Plantas garantiu recentemente 50.000USD, dois anos de financiamento à captura de imagem e publicação online das informações de coleções botânicas. A equipa quer aproveitar esta oportunidade para estabelecer um protocolo de digitalização e publicação permanentes, que dará maior visibilidade ao herbário e continuará a atrair financiamento.

Recolha de dados

use case HS short mountain park

O herbário é composto por aproximadamente 80 mil espécimes coletados de 1960 a 2015, concentrados principalmente no hotspot de biodiversidade — o Parque Nacional de Montanhas Curtas. A coleção continua a aumentar em resultado de intercâmbios, doações e vários projectos de investigação activos. Para cada espécime, informações sobre coletor, hora, data, local e taxonomia estão documentadas. Até à data, não foram tomadas quaisquer medidas de controlo de qualidade sobre os dados e não houve nenhuma captura de imagens de espécimes sistemática.

Descrição dos dados

O professor tem uma base de dados simples e não-relacional em seu computador, que serve como um índice de muitos, mas não de todos os espécimes. Quaisquer imagens dos espécimes existentes são mantidas localmente pelos investigadores individuais que as tiraram.

Exercises

Download the exercise sheet (MS Word 345 KB).

Exercise 1

Captura de dados

Imagine que é a pessoa designada para transcrever os dados encontrados nas folhas de herbário.

  1. Download UC-HS-1-base-material.zip. (34.4 MB). There are 10 images. Two images per specimen for a total of five specimens. The herbarium sheets are in Spanish (data may come to you in various means and in other languages than your own), but you should be able to recognize the data contained in the fields on the labels. Remember to use both images per record to compile the information.

  2. Create a spreadsheet to transcribe the information found on each of the images for the five specimens. Consider additional fields where data can be derived from data on the logs.

  3. Use a tabela para fornecer as suas respostas e enviar a folha de cálculo.

Exercise 2

Gestão de dados

Your institution is part of the “Global Poales Association (GPA)”. This association has secured funding to publish an up-to-date flora on the group and has requested your herbarium to participate and provide any high quality records you may have on this order of plants. The order is well represented in your collection so you think you could contribute substantially to this effort.

  1. Download UC-HS-2-data-cleaning.csv. (213 KB)

  2. Avalie o conjunto de dados e identifique que tipos de erros estão presentes.

  3. Identifique as formas possíveis de corrigir esses problemas e realizar essas correções para todos os erros que for possível.

  4. Use a tabela para fornecer as suas respostas e enviar a folha de cálculo.

Exercise 3

Publicação de dados

Depois de limpar os dados no conjunto de dados de Poales, a equipa considera que a publicação dos dados on-line através da rede GBIF pode ser uma boa maneira de tornar este esforço visível. Foi solicitado que você liderasse esse trabalho de publicação, com base no conjunto de dados.

  1. Download UC-HS-3-poales-publishing.csv. (233.5 KB)

  2. Utilize a instalação do IPT fornecida anteriormente para publicar o conjunto de dados fornecido.

  3. Use a folha de exercícios para fornecer as suas respostas e ligar ao conjunto de dados publicado.